O Departamento possui 13 Laboratórios de Pesquisa coordenados pelos docentes do Departamento. A maioria dos laboratórios está localizada no Edifício Sede do Departamento de Zootecnia. Abaixo, os laboratórios em lista:

Laboratório de Zootecnia de Precisão
Laboratório de Nutrição Animal (LNA)
Laboratório de Nutrição de Ruminantes (LABNUR)
Laboratório de Bioclimatologia Animal
Laboratório Multiusuário de Biologia Muscular e Nutrigenômica
Laboratório de Biotecnologia Animal (LABTEC)
Laboratório de Ciência da Carne (LCC)
Laboratório de Fisiologia e Reprodução Animal
Laboratório de Forragicultura e Microbiologia da Silagem (Labfor)
Laboratório de Informática do Melhoramento Animal
Laboratório de Aquicultura (Laqua)
Laboratório de Informática
Laboratório de Composição Corporal e Densitometria